Чёрное масло в двигателе.  

Поменяй на 5000 масло 1 раз. Так не бойся цвета это нормально. Масло лей С3.
Меняй лучше до 10 000 км. Я лью тоталь. Для дизельного мотора и масла это норм. Не забывай в кпп на 40 000(можно не у афициалов) поменять. А так же муфте и раздатке (2000?). Топливный фильтр (500-2000?) на 20 000 меняй (2 замены масла). Фильтр салона 2 раза (250 р) и воздушный мотора (500-800) по загрязненности если весна осень или пыльно то через 5000 км меняются фильтра легко.

У дизеля масло и будет чернеть)) Саныч верно написал. И даже официалы на дизеле рекомендуют проводить межсервисную замену масла. Оптимальный график замены (если конечно машина новая и проходишь ТО раз 15 тыщ) Менять масло каждые 7500 км.
Я так и делаю ТО на 15000 км, а потом через 7500 замена масла у неофициалов и самостоятельная замена воздушных фильтров двигателя и салона

Согласен с Maximus235, правда у меня бенз, ТО у официалов через 7000 сливаю и еду к неофициалам, фильтр можно не менять, тупо отсосать экспресс заменой и все, лучше масло с моющими залить чтоб TBN (Щелочное было высокое) например
https://shop.alt-oil.ru/katalog/motornyie-masla/legkovyie/aimol-streetline-5w-40-(4l).html