После замены топливного фильтра, не спервого раза запускается двигатель.  

Скорее всего где-то в топливной системе подсасывается воздух, поэтому топливо из системы уходит в бензобак за время простоя и приходится заново заполнять всю систему топливом. Но обычно это критично для дизеля.

Фильтр правильно установлен? Проверьте чтоб не задом наперед. Там стрелочки, куда заходит топливо.

было похожее (на другой совсем машине, но симптомы схожие), оказалось дело в обратном клапане. Не держал, давление падало. При работе все норм, производительности насоса хватало. А запуск с 3-5 раза.
На той машине клапан оказался интегрирован в насос. пришлось менять. тут не уверен.
Думаю показательно будет померить давление топлива в рампе при работе и спустя 1 мин после остановки - все станет очевидно