при инициализации пропала N, на газ не реагирует  

попробую сегодня

а на счет шестерни при движении у меня загоралась из-за актуатора заглушиш заведеш и ок потом чаще стало тоже решил инициализацию сделать и N пропала в дальнейшем актуатор перетачивали на подшипники вместо втулок. Но когда N пропала чуть в штаны не наделал )

Вообще нужно переодически делать инициализацию только сцепления . Изнашивается только диск сцепления и корзина . А вот если сделать всё при изношенных запчастях будет такая ситуация как сейчас у вас . А теперь чтобы вернуть всё обратно нужно выставить актуатор сцепление так что он был в допустимых параметрах иначе сцепление выжиматься не будет естественно и переключения передач тоже не будет и обучение просто не пройдёт

Там есть заглушка на коробке, под которой находится вал переключения передач. Нужно ее открутить и убедится, что прорезь на нем горизонтальна (или вертикальна, не помню точно). Если нет - выставить - это будет нейтраль. Потом делай инициализацию ЭБУ.
Ну а так нужно считать ошибки, чтобы понимать куда копать.

Да верно в первую очередь ошибки .

С самого начала не нужно было делать ИНИ. Шестерня не для того загорается чтобы вы ини делали. На ходу шестерня загорается только потому что актуатор не выжимает, а вы давай мозги обнулять. Начинать нужно с ревизии актуатора, проверка втулок и подшипников, и только после этого ИНИ трансмиссии. Тогда N и появится.