Был со мной аналогичный случай после ремонта сцепления пару лет тому назад.
Возможно не поставили на место вот эту деталь: Скоба опорная стержня вилки включения передач КПП каталожный номер: 43873-22610. Без нее задняя скорость включается очень плохо.
Я брал за 60 рублей и ставил сам. Прочитать про ее установку можно тут: https://www.drive2.ru/l/483750207801000426/